Shinji supera a Asuka en una prueba de sincronización lo que le da bastante confianza en sí mismo. Leliel, el décimo segundo ángel aparece, y ante las provocaciones de Asuka, Shinji intenta detenerlo solo, sin darse cuenta de que el verdadero ángel es una enorme sombra de 680 m que engulle al EVA-01 a una dimensión llamada Mar de Dirac. Como le es imposible salir, se prepara un plan para rescatarlo, mientras Shinji reflexiona acerca de sí mismo y de su imagen percibida por cada una de las personas que conoce, y su temor al rechazo. Antes de que comience la operación de rescate, Shinji reconoce en el interior del EVA-01 el alma de su madre, y escapa destruyendo al ángel.