Seele utiliza a Kaji para secuestrar a Fuyutsuki para interrogarlo acerca del Proyecto Evangelion, Gendo y las verdaderas intenciones de NERV. De esto se esclarecen varios puntos acerca de la historia. Se explica como se fundó NERV, en qué consiste el Plan de Complementación Humana, qué es exactamente un Evangelion. También aparece la madre de Ritsuko matando a la primera Rei antes de suicidarse. El Dr. Fuyutsuki es liberado y Kaji es asesinado. Misato recibe en el contestador automático de su casa el último mensaje de Kaji.