Han pasado ya dos semanas desde el combate con el Angel y Shinji comienza a ir a la escuela, Mitsato se sorprende de que aun no haya hecho ningun amigo devido a su cerrado caracter, pero ha conocido Toji Suzuhara y Kensuke Aida, que no paran de devatir sobre si los pilotos de Eva son salvadores o solo producen más destrozos, cuando un nuevo Angel aparezca, solo sólo Shinji y el Eva-01 podran defender Tokio-3.