Comienza la vida de Shinji en Tokio-3 deviendo acostumbrarse a las peculiaridades de Mitsato que decide acogerle como huesped en su casa, pero por alguna extraña razón no consigue recordar lo que pasó durante la batalla con el Angel. Mientras tanto las fuerzas del orden intentan recontruir los enormes destrozos producidos mientras en Nerv se preparan para otro hipotetico átaque.