Bajo Tokio-3

El Ángel Ramiel sigue perforando las protecciones de NERV, y poco a poco se va acercando más y más. Mientras tanto, Shinji es atendido en el hospital, al lado suyo esta Rei esperando a que despierte. Tardará algunas horas, así que mientras tanto se debe de idear un plan para vencer al Ángel. Misato decide usar entonces la estrategia "Yashima". En ella se utilizaría un arma todavía en estado de prueba y toda la energía eléctrica con la que cuenta Japón, sincronizanco en una operación conjunta los Evas-00 y 01.