Enfurecido al ver a su amigo casi muerto, Shinji se pone en contra de su padre y quiere destruir el Geofront, pero es detenido aumentando la presión de LCL. Suzuhara sobrevive pero pierde una pierna. Shinji decide abandonar NERV, enojado con su padre. Zeruel, el décimo cuarto ángel llega y la primera en intentar detenerlo es Asuka, pero no tiene éxito. Para empeorar las cosas, cortan los brazos y cabeza del EVA-02. Rei intenta pelear con el prototipo 00, pero no tiene ninguna oportunidad. Shinji que está en regresar dadas las circunstancias, se cruza con Kaji que lo convence de que no huya de sus responsabilidades. Con la sincronización más alta que tuvo hasta ahora (400%), vence al ángel aún después de quedarse sin energía. Luego de esta lucha, el EVA-01 se come el núcleo S2 del ángel, demostrando que puede regenerarse por sí mismo.