Misato comienza a mostrar síntomas de depresión por la pérdida de Kaji. Se da cuenta de que su último regalo fue la información de las tareas de espionaje que NERV le había dado. Armisael, el décimo sexto ángel ataca y Asuka pierde por completo su sincronización, siendo Rei la que debe hacerse cargo otra vez. Pero las cosas salen mal y es invadida psicológicamente, creando una introspección en la víctima. Finalmente se autosacrifica para matar al ángel, esa misma noche, Shinji esta completamente destrozado, Misato intenta confortarlo pero él no se deja. Misteriosamente Rei aparece viva. Misato sabía algo y encuentra a Ritsuko, amenazándola a punta de pistola para obligarla a revelar la verdad. Ritsuko la conduce junto a Shinji a una habitación con varios EVA desechos y varios clones de Rei Ayanami, sin alma.