Todo comienza cuando un gran monstruo esta atacando a las afueras de Tokio-3, que al parecer las fuerzas de la UN no pueden detenerlo con todo el armamento que ellos poseen. Al final ellos se rinden, y le encargan la responsabilidad a Gendou Ikari, que lo acepta con mucha calma. Después, Shinji llega a la ciudad de Tokio-3, al parecer llamado por su padre Gendou, pero esta muy confundido de lo que esta pasando. Misato llega justo a tiempo cuando Shinji iba a ser aplastado por el monstruo, se van juntos en su coche. Misato le explica a Shinji que a partir de ese momento, el ya esta siendo personal de NERV, y le muestra la supuesta base subterránea donde trabajaría. Shinji conoce en el camino a Ritsuko, una científica que trabajaba ahí. Ella le explica que el monstruo que esta atacando la ciudad se les conoce como un “Ángel” y le muestra el EVA-01, diciéndole que era el arma mas poderosa que pueda existir. En ese momento, Gendou Ikari aparece, y le “ordena” que pilotee el EVA. Shinji al principio niega hacerlo, pero al ver a una enigmatica chica llamada Rei cambiará de opinión.