Debido a la incapacidad de Asuka de pilotar, que además se encuentra en estado catatónico, SEELE envía a un misterioso Fifth Children (quinto elegido) llamado Kaworu Nagisa. Este chico se gana la confianza de Shinji, con el que mantiene una relación. Kaworu resulta ser el décimo séptimo ángel que posee al EVA-02 sin pilotarlo intentando alcanzar a Adan. Shinji lo persigue y lucha con el EVA-02 al que finalmente destruye pero Kaworu alcanzó a Lilith, mas no a Adan y entonces se niega a provocar el Tercer Impacto, pidiéndole a Shinji que lo mate. No le queda otra posibilidad que hacerlo, pero lamenta el horror de tener que quitar la vida a la única persona que amó. NERV entonces, elimina al último ángel esperado.