Se revelan más secretos del pasado de Asuka y sus sentimientos de autosuperación, ante el abandono de una madre que cayó en la locura, confundiéndola con una muñeca. Durante las pruebas de NERV vemos sus recuerdos que provocan un índice muy bajo de sincronización. Se habla de la creación de los EVA en serie, las unidades del 05 al 13. Comienzan a asentarse los conflictos entre NERV y SEELE. Arael, el décimo quinto ángel llega y Asuka es víctima de un ataque psicológico a distancia. Rei se hace cargo del rescate, ya que Shinji y el EVA-01 no están disponibles. Para derrotar al ángel, Gendo ordenó a Rei utilizar la Lanza de Longinus, que se encontraba en el pecho de Lilith y como consecuencia, se perdió para siempre.