Sydney Bristow fue reclutada por una rama secreta de la CIA, el SD-6, que debe mantener bajo el más alto secreto. Combina una doble vida en la que para sus amigos es una estudiante con trabajo Credit Dauphine, una empresa bancaria, cuando realmente se dedica a realizar peligrosas misiones alrededor del mundo (misiones que siempre excusará con viajes de negocios). Vive con su novio, y ante la proposicion de matrimonio que éste le realiza, ve la necesidad de contarle quien realmente es ella.
Sydney parte para una misión en Taiwan y a la vuelta se encuentra a su futuro marido asesinado en su casa por sus propios compañeros del SD-6, para evitar que más gente de la necesaria supiera la existencia del SD-6.
Ella pide un tiempo de baja de un mes y desaparece, su jefe Marvin Sloane la amenaza a traves de su compañero Marcus Dixon, y es su pade el que acude en su ayuda (que tambien forma parte del SD-6), enfadada ella va a la oficina oficial de la CIA y lo denuncia todo, y es allí cuando descubre que el SD-6 no forma parte de la CIA, y que estaba trabajando para la misma gente contra la que creía que luchaba.
Así que comienza a trabajar como agente doble, para el SD-6 y la CIA, pero para volver al SD-6 deberá recuperar la confianza perdida para lo que vuelve a Taiwan y acabar lo que empezó hace meses.
Sidney acaba descubriendo que su padre también es agente doble y deberán cooperar juntos para ayudar a la CIA.