Así empieza

En este episodio Sydney descubre como el SD-6 va mucho más allá de lo que ella creía y como la labor de desmantelarlo es una tarea a largo plazo. Mientras tanto su amigo Will Tippin, periodista, decide comenzar la investigación del prometido de Sydney (Danny), cosa a la que ella se opone pero que resultará inevitable, sobre todo despues de que Will descubra que Danny había reservado un billete a Singapur la misma noche que fue asesinado. Luego Sydney descubrirá que su padre estaba al tanto de lo que le harían a su prometido, y que fue él mismo el que compró el billete a Singapur para Danny para protegerlo.
La misión que a Sidney le asignan en el SD-6 es encontrar una cabeza nuclear que será vendida en el mercado negro,para la cual la CIA le da su respectiva contramisión. La bomba es encontrada y desactivada y vendida por el SD-6 posteriormente a un traficante de armas Aninni Hassan. Para evitar esto ella misma viaja al Cairo a recuperar la cabeza nuclear y mientras Vaughn es relevado como supervisor de Sydney para asignar uno de mayor experiencia.