Ajuste de cuentas

Tras ver la explosión del almacén Sydney se queda paralizada, y siente como si hubiera fallado a la CIA. Al llegar a los ángeles Sydney va a visitar la casa del agente del FBI que murió junto con su madre en el accidente de tráfico y van aumentando las sospechas de que su madre muriera por culpa de algo que hiciera su padre.
Mientras tanto Francine descubre que su novio no la engañaba, sino que le estaba ocultando cosas porque quería ser cantante y le daba vergüenza decírselo, a todo esto Will va al apartamento de la supuesta Kate Jones y cuando llega se lo encuentra totalmente vacío.
En el SD-6 el troyano de la CIA es encontrado por Marshall y desactivado, las sospechas de Sloane de un posible topo dentro del SD-6 se van incrementando.
Sloane le indica su próxima misión a Sydney que consistirá en encontrar a la única persona, Martin Sephard, que conoce el paradero de la tumba de Gareth Parkashoff (un lider del FTL del cual necesitan su huella dactilar para acceder a cierta información). Sydney va hasta el manicomio de Rumanía donde se encuentra Sephard e intenta sonsacarle esa información, pero todo se complica cuando su único contacto dentro del manicomio es asesinado y Sydney se ve sola allí encerrada.