El Coronel Sheppard es capturado por una raza de humanos que ha estado viviendo por generaciones en el espacio para evitar cualquier tipo de contacto con los Wraiths. Están al corriente de los rumores sobre un nuevo y poderoso enemigo de los Wraiths, la expedición Atlantis. Sabiendo esto y lo relacionado con el gen de los Antiguos, planean usar a Sheppard para activar una nave de guerra de los Antiguos.