El guionista Kelley Sane decidió escribir Expediente Anwar tras mantener una animada conversación con su amigo Mark Martin sobre una política prácticamente desconocida del gobierno de Estados Unidos, la «rendición extraordinaria»; ésta permite el secuestro de ciudadanos extranjeros considerados como una amenaza para la seguridad nacional para detenerlos e interrogarlos en prisiones secretas de otros países.

Para documentarse para su papel, Reese Witherspoon mantuvo encuentros con americanos musulmanes.

El reto para los cineastas fue encontrar un lugar en el que rodar las escenas que se producen en un país del tercer mundo. El país, no revelado en la película, podría haber sido cualquier lugar de Oriente Medio o del norte de África. En este mundo posterior al 11-S, encontrar exteriores en esa parte del planeta es una ardua tarea.
Uno de los países más seguros para el rodaje de una película americana es Marruecos. En aquel país, la ciudad de Marrakech no sólo les aportó un emplazamiento seguro para el rodaje, sino también una imagen visual nítida. Rodar en Marruecos también implicó filmar no sólo con compañeros americanos y marroquíes, sino con un equipo verdaderamente internacional. En Expediente Anwar ha trabajado un equipo formado por personas de países tan dispares como Sudáfrica, Gran Bretaña, Italia, Israel, Egipto, Argelia, Australia y Sudán.