Olivia Dunham, agente del FBI, es la encargada de investigar lo ocurrido durante un vuelo internacional que al aterrizar en el aeropuerto de Boston aparece con todos sus ocupantes muertos.La investigación le llevará a pedir ayuda al Dr. Walter Bishop. Sólo hay un problema: lleva internado en una institución mental 20 años por lo que deberá recurrir a su hijo para poder llegar hasta él. Pronto sabrán que no todo es lo que parece y que lo que ocurrió en ese vuelo es sólo la punta del iceberg.