Los héroes más legendarios en la lucha contra los delincuentes unen sus fuerzas cuando Scooby y la Compañía del Misterio forman equipo con Batman y Robin. La acción empieza cuando los villanos Joker y El Pingüino, intentan falsificar dinero, pero son detenidos por el trío dinámico de Batman, Robin y Scooby. Pero Joker y El Pingüino vuelven para intentar robar un traje mágico volador, y Scooby-Doo y su pandilla tiene que demostrar que con un poco de ayuda, son capaces de volar hasta las nubes para recuperar el traje volador, provocar un aterrizaje forzoso y derrotar a los malvados.