Cuando la Liga de la Justicia desaparece y los villanos toman Metropolis, solo hay un equipo capaz de resolver el misterio: ¡Scooby-Doo y su pandilla! Pero hay un nuevo perro en la ciudad: Krypto, el Superperro de Superman con súper poderes. Mystery Inc. necesitará toda la ayuda posible cuando fantasmas amenacen la sede de la Liga de la Justicia.