Una nueva nave procedente del espacio y del tiempo aterriza al mando del astronauta Brent, que acude en busca del desaparecido George Taylor. Vuelve a encontrarse con los simios que dominan el mundo, relegando a los humanos a la esclavitud. Sin embargo, con la ayuda de la doctora Zira seguirá las huellas de Taylor hasta la Zona Prohibida, en cuyas catacumbas, lo que son las ruinas del metro de Nueva York, encuentra a una raza humana mutante con poderes telepáticos.
Brent descubre que una bomba atómica destruyó la ciudad y que los simios se hicieron con el poder. Allí reside una especie de secta que tiene una bomba H como único ídolo y a Taylor como rehén. Todos deben implicarse en una gran batalla final cuando el refugio humano es descubierto por las tropas simias.