Una noche, mientras Nate duerme, su Yo-Kai Watch se ilumina y desaparece de su muñeca. Por si fuera poco, aparece un Yo-Kai gato gigante llamado Dekanyan y le pide ayuda para salvar a sus amigos. Así pues, Nate viaja al pueblo de Kemamoto, donde vive su abuela, en busca de pistas que le ayuden a aclarar la situación.