Ash y sus amigos (esta vez acompañados por la recién llegada Dawn) llegan a un idílico pueblo rumbo a su próximo concurso Pokémon, donde el caos estallará pronto con la profecía de dos dioses Pokémon (Dialga y Palkia) y la llegada de un misterioso Pokémon aparentemente mortal llamado Darkrai, capaz de distorsionar el espacio y el tiempo.