En una mágica ciudad acuática llena de laberintos y canales, ASH, PIKACHU y el resto de la pandilla tendrán que enfrentarse a un par de astutos ladrones que planean robar una impresionante y peligrosa joya que custodian LATIOS y LATIAS.
Para conseguir salvar a la ciudad de su destrucción total, nuestros héroes deberán derrotar a esta diabólica pareja y superar enormes obstáculos… ¡pero el tiempo se acaba, corre en su contra!