La historia comienza cuando Nevado excava un hoyo en el jardín. Allí Shin Chan encuentra una carta proveniente del Año 2 de Tenso que se corresponde con 1574 que fue cuando las guerras civiles. Una vez la lee es teletransportado a esa época.
Mágicamente transportado al año 1574, en pleno Japón feudal, conocerá a Matabe, un samurái solitario al que, accidentalmente, salvará la vida, quedando éste último en deuda con él y viéndose obligado a aceptarle como huésped en su hogar. Entre ambos surgirá una bonita amistad de la que ambos aprenderán importantes lecciones sobre la vida y el honor, en tanto que Shin chan ayudará a Matabe a conseguir el amor de la hermosa doncella Ren. Mientras tanto, los Nohara están preocupados por la desaparición de su hijo y, tras leer una nota que el propio Shin chan escribió en el pasado, deciden reunirse con él viajando a través del tiempo con coche incluido.