Tras ser detenido por el intento de asesinato del Raikage, líder de Kumogakure, y por la muerte de varios jōnin de Kirigakure e Iwagakure, Naruto es enviado a Hōzukijō, una prisión destinada a contener a criminales conocida como la Prisión de Sangre. Allí, Mui, el director del lugar, emplea una técnica de confinamiento extremo para robar el poder de los reclusos, momento en el que Naruto se da cuenta de que alguien pretende acabar con él. Así comienza la lucha por desentrañar la verdad tras los misteriosos asesinatos y demostrar su inocencia.