Alice, al despertar de un largo sueño, se da cuenta que sus más oscuros temores se han hecho realidad. Los muertos vivientes, contra quienes ella, y su desaparecido escuadrón de elite lucharon tan arduamente para destruir, se han escapado en la ciudad que rodea las instalaciones secretas de la Corporación Umbrella. Asimismo descubre que ella misma es un experimento de Umbrella, alterada biológicamente, dotada de fuerza, de sentidos y destreza sobrehumana... lo necesitará.
En el corazón de la devastada CD. Raccoon, un pequeño grupo de personas que no han sido infectadas, entre ellas Jill Valentine, una integrante recién degradada del equipo S.T.A.R.S. (Equipo de rescates y tácticas especiales) y Carlos Oliveira, líder del antes mencionado equipo, se ven obligados a luchar por sus vidas contra verdaderos enjambres de muertos vivientes. Al verse ya sin recursos, tienen la fortuna de ser rescatados por Alice y empiezan a librar una desesperada batalla por su supervivencia, antes de que la Corporación Umbrella borre el resultado de su macabro experimento de la faz de la tierra.