En primavera, el estudiante Makoto Yuki se traslada al instituto Gekkoukan. Sin embargo, mientras se dirige a su nueva residencia, escuchando música con los auriculares puestos, algo le detiene. Más concretamente, el tiempo se ha detenido y las personas que le rodeaban se han convertido en ataúdes. Makoto descubre que este lapso de tiempo oculto entre el minuto de la medianoche se denomina la «Hora Oscura», un momento en el que aparecen unos monstruos llamados «Sombras». Nombrado de repente líder de sus compañeros de clase Yukari y Junpei por sus compañeros de cursos superiores Mitsuru y Akihiko, Makoto debe aprender a sentir empatía, a conectar con sus compañeros y a comprender el significado de la muerte. Con el poder de su Evocador apuntando a su cabeza, despierta una Persona y lucha contra las Sombras que amenazan con atacar su mundo desde la misteriosa torre del Tártaro.