Cuando el Mundo de los Espíritus se inunda debido a una lluvia inusual que desborda el río Sanzu (también conocido como el río Estigia), Lord Koenma presiente la llegada de un enemigo extremadamente poderoso. Encarga al Dios de la Muerte, Botan, que entregue al Detective Espiritual Yusuke un misterioso objeto que debe ser protegido del enemigo invasor. Sin embargo, cuando Botan encuentra a Yusuke, está demasiado débil para explicarle la situación. Yusuke y sus amigos no saben nada del nuevo enemigo, pero no por mucho tiempo. Pronto se libra una batalla por la Tierra entre meros Detectives Espirituales y el todopoderoso rey del Netherworld.