En el futuro, la humanidad será capaz de crear formas de vida artificiales. Los Soldados Divinos, creados con un enorme poder destructivo, acabaron con el ecosistema y la industrializada civilización en una terrible guerra global recordada como los Siete Días de Fuego. Han pasado 1.000 años desde entonces y la humanidad vive en una edad media industrializada, luchando por sobrevivir en condiciones adversas. Sobre la tierra contaminada por la guerra crece ahora un bosque de hongos gigantes habitado por extrañas criaturas, que cada vez se extiende más y más. Esta jungla es un lugar mortal para los humanos solo habitado ahora por insectos mutantes.
El único punto que parece protegido de este infierno es el Valle del Viento, un pequeño país fronterizo cercano a la costa protegido de las esporas por el viento del mar. Nausicaä es la joven princesa de este valle y está tratando de curar a su padre y a los que padecen la enfermedad de todo aquel que inhala el miasma. Ella tiene una extraordinaria empatía con todo ser viviente y no teme adentrarse en el bosque buscando respuestas. Este es solo el comienzo de su largo viaje en busca de la armonía entre los hombres y la naturaleza...