La guerra contra el doctor Hell (doctor Infierno) y sus monstruos mecánicos se ha acabado, y Hell ha desaparecido, probablemente haya muerto. Koji Kabuto y sus amigos desde ahora disfrutan de unos días tranquilos y han retomado una vida normal.
Pero en lo más profundo de la Tierra, olvidada de todos, la civilización Mykene todavía vive. El doctor Hell (doctor Infierno) no hizo más que utilizar la tecnología de los Mykene, a los que creía desaparecidos, pero estos han estado siempre allí. Después de miles de años de exilio subterráneo, sus cuerpos debilitados han encontrado refugio en los cuerpos biomecánicos poderosos y han atravesado las distintas épocas. En lo sucesivo, quieren volver a la superficie y aprovechar nuevamente la luz del Sol. Nada los aterra, ni siquiera la presencia de los humanos, raza que detestan.
El Gran Shogun de las Tinieblas, poderoso jefe de las siete armadas infernales, decide que el momento de reconquistar la Tierra ha llegado. ¿Podrá Mazinger Z solo repeler el asalto devastador de toda una civilización?