Tres décadas después de la gran guerra entre los humanos y los Zentradi, el gobierno de la ONU está desarrollando nuevas tecnologías para incorporarlas a sus aviones de combate transformables mediante la realización de pruebas en el planeta colonia Edén. Dos pilotos de pruebas militares y antiguos amigos de la infancia, el imprevisible Isamu Alva Dyson y Guld Goa Bowman, de ascendencia mixta zentradi, son seleccionados para pilotar cada uno un nuevo avión (el YF-19 de Shinsei Industries y el YF-21 de General Galaxy) para el Proyecto Super Nova, con el fin de elegir al nuevo sucesor del caza variable VF-11 Thunderbolt, que actualmente sigue en servicio en las fuerzas militares de la U.N. Spacy. Sus rencillas personales acaban entorpeciendo las pruebas y comienzan a sembrar el caos en el programa.