Tras separarse de Sasuke en el Valle del Fin, Naruto Uzumaki pasa dos años y medio lejos de Konoha para continuar su entrenamiento. Cuando por fin regresa, se reincorpora al Equipo Kakashi y descubre una pista sobre Orochimaru. Decidido a rescatar a su amigo, lidera al equipo hacia el lugar donde se esconde el traidor. Sin embargo, ignora que Akatsuki ya está tras él para apoderarse del Nueve Colas que lleva sellado en su interior.