La estación se convierte en otoño y la lucha de Makoto y su grupo S.E.E.S. contra los extraños monstruos conocidos como "Sombras" se acerca a su fin. Makoto y sus aliados libran batallas a vida o muerte contra las Sombras para acabar con la Hora Oscura. A lo largo de las batallas, algunos deben enfrentarse a la muerte de amigos y familiares, otros deben darse cuenta de qué cosas preciosas deben proteger y otros deben encontrar un sentido a las batallas que han tenido lugar. Frente a Makoto, aparece el misterioso estudiante transferido Ryoji Mochizuki. Cuando el grupo saluda a una nueva mañana, los engranajes del destino comienzan a girar. Comienza una lucha que gira en torno a los vínculos de cada uno de los héroes...