Cuando Shinsei Inazuma Japan estaba a punto de enfrentarse a Inazuma Legend Japan, un misterioso atacante acompañado de un enjambre de robots interrumpe el partido, y el poder de otra chica enigmática arrastra al mundo a otra dimensión. Al encontrarse los mundos de Inazuma Eleven Go y Danball Senki W, ambos equipos deben unirse para descubrir qué ha sucedido con sus respectivos mundos.