Godzilla se ha convertido en un recuerdo lejano para Japón cuando la destrucción de un submarino estadounidense despierta las alarmas del almirante Tachibana. Su hija separada, Yuri, investiga la leyenda de los monstruos guardianes, que deben levantarse para proteger Japón contra los espíritus vengativos que habitan en Godzilla y que buscan destruir tanto la nación como a su gente por el sufrimiento causado durante el conflicto del Pacífico.