Pruebas atómicas han provocado que el continente perdido de Seatopia emerja en Japón. En venganza por los daños causados por los tests nucleares, los seatopianos liberan a Megalon, una cucaracha gigante, para que destruya la Tierra. A su vez, agentes encubiertos de los seatopianos se han apoderado de un robot llamado Jet Jaguar, que es la única arma sobre la Tierra que puede hacerles frente. Pero los científicos recuperan el control del robot y lo envían a la Isla de los Monstruos a que libere a Godzila. Mientras Godzila se dirige a combatir a Megalon, los seatopianos invocan al monstruo espacial Gaigan. En el punto de reunión, el robot y las tres criaturas se batirán en un duelo por el dominio de la Tierra.