La guerra redujo a Japón a cero, y Godzilla lo sumió en números negativos. Han pasado dos años desde entonces, y el país ha tenido que hacer frente a una lucha agonizante para recuperarse y, por fin, recuperar su vida cotidiana. Justo cuando la humanidad lograba aferrarse a una paz ganada a duras penas, surge una nueva amenaza que aplasta la esperanza en un instante.