Esta nueva historia relata los esfuerzos heroicos de la agencia criptozoológica, Monarch, cuyos integrantes se enfrentan a una legión de monstruos gigantescos, incluido el poderoso Godzilla, que enfrentará a Mothra, Rodan y a su máximo némesis con tres cabezas: Rey Ghidorah. En el momento en que estas antiguas superespecies -que se creía que eran tan solo un mito- resurgen, pelearan por la supremacía y pondrán la existencia de la especie humana al borde de la extinción.