Filipinas, 1999. En una excavación científica se encuentra una gran gruta y un sendero descomunal dejado por una criatura en dirección a la playa. Poco después, una central nuclear en Japón sufre un accidente y toda la zona queda en cuarentena durante 15 años. Un padre y su hijo, que perdieron a la madre en el siniestro, regresan a la zona para investigar la causa real del incidente, y descubren que los militares han ocultado la existencia de un monstruo prehistórico que se alimenta de radiación y que hasta entonces estaba aletargado. Cuando se escape, solo habrá una cosa sobre la faz de la Tierra que pueda detenerlo: el rey de los monstruos, el mítico Godzilla.