Es el año 2104 cuando la nave Covenant se dirige al planeta Origae-6 con misión de colonizarlo. Tras unos duros percances, la nave sufre algunas bajas y reciben una misteriosa señal desde un planeta que, según marcan los sistemas, posee unas condiciones ideales para ser poblado. El capitán, Christopher Oram, consulta a la tripulación y reorienta el rumbo hacia ese planeta. Allá descubrirán que se trata del mismo lugar dónde, diez años atrás, naufragó la expedición Prometheus y conocerán al androide David, el único superviviente.