Dentro de 400 años, una plaga habrá erradicado a la humanidad de la faz de la Tierra. A toda, excepto a la ciudad amurallada de Bregna, gobernada por un consejo de científicos. Pero en ella no hay paz: un grupo de insurgentes, cuya principal soldado es Aeon Flux, luchan contra el sistema. Cuando Aeon es mandada en una misión para matar al jefe de estado descubrirá secretos que le harán replantearse todo lo que creía.