Shinichi Ichikawa, el profesor que se transformó en Zebraman para salvar a Japón de una invasión extraterrestre, se despierta un día por la mañana y es detenido por las fuerzas policiales. Un hombre le rescata y le conduce a una comuna fuera de la ciudad. Este hombre le reconoce como Zebraman y ante su desorientación le dice que Tokio ahora es Zebra City y está gobernada por Zebra Queen. El año es el 2025 y Shinichi no tiene ni idea de dónde ha estado en los últimos 15 años. En cualquier caso, deberá volver a convertirse en el superhéroe a rayas para pararle los pies al mal.