Han pasado varios meses desde que los mutantes liderados por el profesor Charles Xavier derrotaron a Magneto y le encarcelaron en una celda de plástico inexpugnable. Pero cuando un mutante llamado Rondador Nocturno se infiltre en la Casa Blanca e intente matar al presidente, los mutantes volverán a ser perseguidos por el gobierno. Mientras tanto, Logan intenta averiguar algo más sobre su pasado, y sus investigaciones le llevan a un científico llamado William Stryker, que anda tras los pasos de Xavier y los secretos que oculta en su escuela de mutantes.