Durante unas maniobras navales de la Armada, dos submarinistas logran acceder al Nautilus, que lleva más de 100 años atrapado en el fondo del mar. Allí descubren al capitán Nemo que después de salir de una cámara de hibernación les dice que tuvieron un accidente mientras buscaba la Atlántida. Gracias a las maniobras, el Nautilus se libera y los marinos proponen al capitán arreglar varios desperfectos en San Francisco. Allí, las autoridades pedirán ayuda al capitán Nemo para luchar contra un profesor loco que pide una enorme cifra de dinero para no provocar el caos.