Dos años después de los eventos de la Cuarta Gran Guerra Ninja, la luna que Hagoromo Otsutsuki creó hace mucho tiempo para sellar la Estatua Gedo comienza a descender hacia el mundo, amenazando con convertirse en un meteorito que destruiría todo al impactar. En medio de esta crisis, un descendiente directo de Kaguya Otsutsuki llamado Toneri Otsutsuki intenta secuestrar a Hinata Hyuga, pero termina secuestrando a su hermana menor, Hanabi. Naruto y sus aliados inician una misión de rescate, solo para encontrarse envueltos en una batalla final para decidir el destino de todo.