Durante las pruebas para llevar a cabo el Proyecto Génesis, un artefacto capaz de reestructurar molecularmente un planeta para dotarlo de vida, el comandante Chekov se encuentra con un viejo conocido: Khan, un renegado de mente brillante y fuerza prodigiosa que fue desterrado a un planeta sin vida por el entonces capitán Kirk. Khan y sus hombres toman el control de la nave de Chekov e intentan robar el Génesis, pero la nave Enterprise, con el almirante Kirk y el capitán Spock al mando, se pondrán en su camino, despertando una vez más su ira.