Cuando la tripulación de la nave Enterprise regresa a casa de una misión sin éxito, descubren una imparable y terrorífica fuerza que, desde dentro de su organización, ha hecho saltar por los aires la flota y todo lo que esta representa, sumiendo al mundo en una profunda crisis. Con la venganza personal en su mente, el capitán Kirk encabeza una incursión a un planeta de la zona prohibida de los klingon para capturar a un hombre que es un arma de destrucción masiva.