En el año 2199, cinco años después del primer ataque de los Gamilas, la Tierra está casi destruida. Los humanos sobreviven en cuevas, evitando la superficie ya inhabitable por culpa de la radiación. Un día, el ex piloto Susumu Kodai descubre una cápsula enviada desde el planeta Iskandar que contiene un mensaje de esperanza para los seres humanos: existe un artefacto capaz de eliminar la radiación de la Tierra. Las Fuerzas de Defensa terrestres reconstruyen el acorazado Yamato con un nuevo propulsor capaz de realizar el viaje de 150.000 años luz hasta Iskandar, a la espera de poder salvar al planeta en su batalla contra los Gamilas.