Después de seguir caminos separados, Scooby-Doo, Shaggy, Velma, Daphne y Fred se reúnen para investigar el fantasma del pirata Moonscar en una isla pantanosa embrujada. Sin embargo, el espíritu del corsario no es el único ser inquietante del lugar. Los jóvenes detectives también se enfrentan a criaturas felinas y zombis… y, por primera vez en sus vidas, parece que estos monstruos podrían ser reales.