Como recompensa por recuperar los 625 experimentos, Lilo, Stitch, Jumba y Peakley han sido enviados a los distintos lugares de la galaxia donde cada uno cree pertenecer, pero sus vidas pronto se ven alteradas cuando el malévolo Dr. Hamsterviel escapa de prisión y obliga a Jumba a crear un nuevo experimento: Leroy, el malvado gemelo de Stitch. ¡Y todo empeora definitivamente cuando Hamsterviel clona a esta nueva criatura para crear su propio ejército!