La Tierra se ve amenazada por una raza alienígena que secuestra y asesina a seres humanos e incluso a animales, y los utiliza para obtener sus partes corporales. En el año 1980 se crea S.H.A.D.O. (Organización del Cuartel General Supremo de Defensa contra los Alienígenas), una organización militar de alto secreto, con la esperanza de defender la Tierra de esta amenaza alienígena. Esta organización opera desde una ubicación secreta situada bajo el estudio cinematográfico Harlington-Straker, en Londres. S.H.A.D.O. también cuenta con una base en la Luna dotada de interceptores, así como con un satélite de alerta temprana que detecta los ovnis que se aproximan (denominado S.I.D.), y opera una flota de submarinos. El general James Henderson y el comandante Ed Straker cuentan con un equipo de hombres y mujeres altamente entrenados y bien equipados para combatir los ovnis hostiles que llegan con regularidad.